细菌的存在严重影响石油的开采与储运，危害较大的是硫酸还原菌和铁细菌。危害主要是导致钢铁腐蚀、地下渗透率下降等。硫酸还原菌为厌氧菌，它氧化有机物，还原硫酸盐。现在发现的硫酸还原菌有十几种菌株，它们除了还原硫酸盐外，有些还还原羧酸盐。硫酸还原菌存在于深部与浅部地下水中，经常与油藏关联在一起。
硫酸还原菌的存在主要会引起管道腐蚀、地层堵塞和使解堵剂降解。
腐蚀的机理主要是：新陈代谢本身是氧化一还原反应，使金属参与电子传递；产生的H2S本身具有腐蚀性；形成外腐蚀产物等。堵塞的主要原因是H2S与Fe离子形成不溶的Fes沉淀，它和细菌排泄物一起封堵地层，使渗透率下降。细菌的存在会使注入到地层的提高采收率的化学剂如聚丙烯酰胺、石油磺酸盐等降解而失去作用。
对于细菌所造成的问题有两个途径可以解决，二是使用抗菌材料，二是使用杀菌剂。最早使用的杀菌剂为甲醛和阳离子表面活性剂，其主要作用机理是破坏细胞壁，使细菌死亡。
杀菌剂的技术指标有：室内杀菌效果为100％；现场杀菌效果对不同油藏有不同的要求，应与室内结果接近；应无腐蚀性；有好的溶解性和配伍性。
油田早期使用的较为成功的杀菌剂为十二烷基三甲基氯化铵、甲醛、氯气及其复合物。但由于细菌逐渐产生抗药性，又发展了许多新的杀菌剂，如：十二烷基二甲基苄基氯化铵；十二烷基二甲基苄基溴化铵，后者较前者效果好，但价格高；十二烷基胺盐，有好的杀菌和剥离作用，还有缓蚀作用，在胜利油田东辛采油厂使用很成功；脂肪胺、有机酸和氢的氨化物合成的胍盐；烷基双胍盐；聚氮杂环季铵盐；其他表面活性剂复配体系等。
由于油田环境不同，虽然主要细菌是相同的，但也应该根据具体条件选择适当的杀菌剂。因为表面活性剂受水中其他成分的影响，另外不同的细菌有不同的抗药性。为了解决抗药性，杀菌剂也应不断发展，从单一走向多元。
