蛋白质分离
阳离子氟碳表面活性剂和阴离子氟碳表面活性剂的混合物被用作蛋白质自由流动毛细电泳的添加剂。由于毛细管壁的有效减活作用而有可能使用粗熔融硅毛细管。电渗透流动的量和方向受到氟碳表面活性剂混合物的强烈影响。这一现象被解释为表面活性剂层的胶束化和定向胶柬的形成。由于采用了带相反电荷的氟碳表面活性．剂的混合物，所以有可能在同一过程既分离带正电荷的蛋白质又分离带负电荷的蛋白质。由于氟碳表面活性剂和蛋白质的电荷的互相作用，因而可能调整分离的选择性而不必改变缓冲剂的强度或pH值。这一特点可从模型物质肌红朊和Rnase的可转向的洗提次序得到证明。氟碳表面活性剂作为添加剂的另一特点是在低浓度、(<100μg／mL)的有效性，甚至在使用低离子强度的缓冲剂时也是如此。所以在高场强度就能完成快速分离而不会出现过量的焦耳热。例如，带正电荷和负电荷的蛋白质混合物，在10mmol／L磷酸盐缓冲剂调节至pH=7的条件下，在小于2min的时间内即可迅速分离。
通过氟碳表面活性剂对硅玻璃的处理，发展了一种测定吸附蛋白质的表面润湿性的新方法[68]，这种方法无需等待干燥就可测定。在较高的蛋白质浓度，氟碳表面活性剂处理过的玻璃上的蛋白质表面是完全亲水的。当蛋白质浓度较低时，则蛋白质层的亲水性取决于氟碳表面活性剂的种类，同时也取决于蛋白质的吸附过程。
